・医療法人が介護(通所・入所)事業を運営しており、理事長のほか、医師A・医師Bが勤務しています。
・A・Bは介護老人保健施設の管理者となっている関係で、医療法第46条の5第6項により理事として登記されています。しかし、A・Bは現場の医師として業務に従事しているのみで、法人の経営には関与していません
・理事長およびその他の理事が経営に携わっています。
・決算期は1月。
・A・Bの給与は2月〜9月まで同額で支給しており、10月から期末までの期間のみ、別施設の医師が常勤できない事情から掛け持ち対応の負担を補うための手当を上乗せしたいと考えています。

【質問1】
使用人兼務役員の規定を踏まえた場合、A・Bが平理事であることを前提として、報酬を「理事報酬」と「勤務医師としての給与」に区分し、勤務医部分にのみ手当を支給する形は認められるのでしょうか。
例えば、理事としての責任に対応する部分を10万円とし、それ以外を勤務医としての給与として扱うような区分方法は問題ないかを確認したいです。

【質問2】
期中の増額にあたり議事録を作成する予定ですが、税務上のリスクを軽減するために、他に注意すべき点があれば教えていただきたいです。

【質問3】
上乗せ手当の金額が事前に確定している場合、期中増額分を事前確定給与として届出する方法は問題ないでしょうか。
また、この方法は使用人兼務役員として取り扱う場合より税務リスクが低くなるのかについても確認したいです。

【参考にしている資料】
・医療専門税理士による解説記事(Q166)
・使用人兼務役員の概要解説(Web資料)

回答(税務質問会)

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