個人所有の土地と法人所有の建物について賃貸借関係がある場合、借地権の認識や評価について、以下の理解および処理に誤りがないかを確認したいと考えています。
まず、事実関係は次のとおりです。
①個人Aは法人Xの代表者（医療法人の理事長）であり、同族株主に該当します。法人Xは同族会社です。
②土地は個人Aが所有し、建物は法人Xが所有しています。法人Xは当該建物を診療所として使用しています。賃貸借契約書は作成されていませんが、地代の支払いは行われています。
③法人Xから個人Aへ支払われている地代は、固定資産税額をやや下回る水準の月額です。
④「土地の無償返還に関する届出書」の提出はなく、権利金の収受も確認されていません。
⑤個人Aは、2023年3月に前任理事長である個人Bから相続により土地を取得しています。この相続税申告においては、当該土地を自用地ではなく、借地権控除後の評価額で申告しています。
⑥個人Bから個人Aに対して、法人Xの株式について毎年生前贈与が行われていましたが、その際の株式評価では、第5表において借地権（土地評価額の50%）を計上する処理が継続されていました。
⑦個人Aが実子に対して法人X株式の生前贈与を継続していますが、先代からの処理を踏襲し、借地権を加算した純資産価額方式により株価算定を行っています。
以上を踏まえた当方の見解は次のとおりです。
本件は借主が法人であるため、個人間における使用貸借とは異なると考えています。そのため、相続時には土地評価から借地権を控除し、その反対側として、法人株式の評価において借地権相当額を計上する処理を継続しています。この理解および処理に誤りはないでしょうか。
また、今後の対応策として、現時点から「土地の無償返還に関する届出書」を提出し、株式評価では借地権を20%とし、将来の相続時には土地評価を80%評価とするという選択肢も考えていますが、この考え方に問題はないでしょうか。
一方で、今から方針を変更することにより、税務署に対して不必要な問題提起となるのではないかという懸念や、そもそも現在の借地権認識自体に誤りがあるのではないかという不安もあります。そのため、現状では従前どおりの処理を継続しています。
しかし、現在の処理にどのような潜在的リスクがあるのか、また、そのリスクを解消するための具体的な方法について明確な判断ができていません。以上の点から、現時点での認識および処理が妥当であるかどうかについて、ご意見を伺いたいと考えています。
