人材派遣業（事務所は別所在地）と保育園事業（テナント物件）を併営している株式会社における消費税の取扱いについての相談です。
保育園の収入については、原則として非課税売上に該当する認識ですが、これに付随して、従業員に対する給食の提供や写真の販売といった取引があり、これらについては課税売上（一定割合の税率で雑収入として処理）として計上しています。
このような状況において、保育園に係る食材の仕入やシステム利用料は、これら課税売上とも直接的な関連性があると考えられますし、さらに事務所や施設の賃料についても、一定程度は課税売上に対応していると評価できる可能性があります。
ただし、保育事業全体に占める課税売上の割合は全体のごく一部（数％未満）にとどまっている状況です。このような場合において、保育事業に係る仕入全体について共通対応仕入として一定割合で按分処理することが認められるのか、その判断基準があれば教えていただきたいです。
また、過去には薬局における一部実費売上に関して、納税者側の主張が認められた裁決事例があったと認識しており、本件にも同様の考え方を適用できる余地があるのかについても検討しています。
さらに、当該法人では、保育園の給食提供とは別に、保育園内の厨房設備を活用して弁当等を製造し、外部へ販売する事業も開始しています。
このようなケースにおいては、保育園に係る食材費や家賃、水道光熱費等の仕入について、課税売上と非課税売上の双方に関連する共通対応仕入として取り扱うことができるのではないかと考えています。
以上を踏まえ、弁当等の外部販売がない場合とある場合のそれぞれについて、仕入税額区分の判断基準や実務上の考え方をご教示いただきたいです。
