源泉徴収漏れに対して課された加算税について、「相当の理由」が認められる余地があるかどうかをご教示いただきたく存じます。
＜前提となる事実関係＞
本件の経緯は以下のとおりです。数年前、株式会社A（以下「A社」）は個人甲（第三者の日本人）から国内に所在する土地を購入しました。
その際、売買契約書・領収書・売買直前の登記簿のいずれにも、甲の住所は国内として記載されており、A社としては甲が居住者であるという認識のもとで取引を行っていました。
ところが、最近になってA社に対して源泉税に関する税務調査が入り、実態が明らかになりました。
調査の結果、甲は売買契約時点においてすでに中国へ住所を移転していたにもかかわらず、売買終了後に契約日よりも前の日付で住所移転の登記を行っていたという事実が発覚しました。
この事実をもとに、税務署からは非居住者からの土地購入として源泉税の徴収漏れおよびそれに伴う加算税の賦課が指摘されました。
＜A社代表者の対応と論点＞
A社の代表者は、源泉税の本税については納付することに異論はないものの、加算税については「相当の理由」が存在するとして、その賦課に納得していない状況です。
この点について、源泉所得税に関する事務運営指針では「相当の理由」に該当するケースが列挙されています。
しかし、そもそもこの事務運営指針は法律ではなく、そこに列挙された事由に該当しなければ一切免除されないという性質のものではないと考えられます。
＜ご質問の要旨＞
本件のように、契約書・領収書・登記簿といった通常確認しうる書類上はすべて国内住所と記載されており、相手方が自ら虚偽の情報をもとに取引を行っていたという事情がある場合、加算税の免除を求める「相当の理由あり」として反論できる余地はあるのでしょうか。
事務運営指針の列挙事由に形式的に当てはまらない場合であっても、個別事情を考慮した主張が認められる可能性があるかどうかについて、ご見解をお聞かせいただければ幸いです。
