適格株式交換により取得した完全子法人株式の税務上の取得価額について確認したい点があります。

法人税法施行令では、
株主数が50人未満で、株主が個人の場合には、完全子法人株式の取得価額は「その個人が適格株式交換の直前に保有していた株式の取得価額を引き継ぐ」
と定められています。

しかし、先代やその親族が過去の取引によって取得した株式が含まれる場合など、実際の取得価額の把握が困難なケースもあります。このような状況に関する明確な取扱いが見当たらず、判断に迷っています。

また施行令の構造を見ると、
株主数が50人未満の場合は、法人・個人に関わらず「直前の帳簿価額や取得価額」を基に算定することが原則
と読めます。
一方、株主数が50人以上の場合は、取得価額の把握が物理的に困難であることを前提にした簡便的措置とも受け取れます。

この点を踏まえると、
50人未満の原則に従うべきなのか、あるいは取得価額の把握が困難な事情がある場合には「50人以上の取扱いを準用する余地」があるのか、ご教示いただければ幸いです。

回答(税務質問会)

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