【前提】
全国に多数の美容関係の学校を運営している会社です。
美容に関する認定資格制度があり、各学校には認定された講師を規定数以上配置する義務があります。
当社では、従業員に対する資格奨励制度を設けています。対象となる資格には複数の種類があり、取得には10万円から50万円程度の費用負担が必要です。
従業員が外部講座を受講して資格を取得する場合、受講費用は一旦全額を従業員が支払いますが、合格した際には資格取得費用の半額（上限10万円）を支給する規定としています。
支給は、合格後に領収書と引き換えに行っています。なお、合格後3年以内に退職した場合には、退職時に支給額の全額を返金する旨を規程に定めています。
【質問1】給与課税について
合格後に従業員へ支払うため、一見すると祝い金のようにも見えますが、所得税基本通達36－29の2に定める、①業務遂行上必要であること、②職務に直接必要な技術若しくは知識を習得させること、③費用として適正なものであること、という要件には該当していると考えています。
また、国税庁の「社員の通信教育費を負担するときの仕入税額控除の可否」に関するページ（https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shohi/16/07.htm）では、領収書の宛名が企業である場合には給与ではなく課税仕入れに該当する旨が示されています。
当社としては、合格しなければ資格取得費用を負担する意味がないとの考えから、このような制度設計にしていますが、本件を給与課税ではなく会社の経費として取り扱うことは可能でしょうか。
【質問2】消費税について
会社負担の費用として給与課税の対象とならない場合、従業員から立替金精算書を提出してもらうことで課税仕入れとして処理するという理解でよろしいでしょうか。
【質問3】疎明資料について
税務調査に備えて保存しておくべき資料として、社内規定、社内規定に基づく従業員からの授業料負担金申請書、従業員が受講した資格取得講座の領収書のコピー、そして現金支給の場合の受領証を保管していれば足りるかどうかについてもご教示ください。
