運送業を営む法人が出資している協同組合から割り当てられた事務所および駐車場について、これを下請業者へ転貸していました。その後、転貸開始から約5年経過した時点で、協同組合より当該賃貸収入を全額組合へ返還するよう通達があり、実際に返還を行っています。
この返還金額（約2,000万円超）について、会計上は特別損失の雑損失として処理することを想定していますが、法人税法上において損金算入が認められるか、また消費税法上において仕入税額控除の対象となるかについて見解を伺いたいです。
【補足】
・当初、法人側としては、協同組合から口頭で又貸しの許可を得ていたとの認識でしたが、組合側はこれを否定しており、双方の主張が対立するいわゆる水掛け論の状態となっています。
・協同組合の定款には又貸しを明確に禁止する規定は存在しませんが、除名に関する条項として「本組合の事業の利用について不正の行為をした組合員」という規定があり、本件が当該規定に抵触する可能性があると指摘されています。
・そのため、返還に応じない場合は除名処分とする旨の通達を受けており、これを踏まえて返還に至っています。
