所得税の確定申告において、医師が同族会社に支払った高額な不動産賃借料が、所得税法１５７条１項の「同族会社の行為計算否認規定の適用」により否認された事例をご紹介します。
佐賀地裁平成２８年１１月２９日判決（ＴＡＩＮＳ Ｚ２６６－１２９３８）です。
事案の概要
原告である医師は、同族会社から土地建物を賃借して、診療所を開設していました。
課税庁は、平成２０年分から平成２２年分までの各所得税の青色確定申告について、医師が支払った賃料は著しく高額であって、「所得税の負担を不当に減少させる結果となると認められる」（所得税法１５７条１項）として、賃料のうち過大な部分の必要経費算入を否認し、更正等をしました。
そこで、医師は提訴。
裁判所の判断
所得税法１５７条１項の趣旨に照らすと、同族関係者が、同族会社の所有する不動産を賃借した際の賃料について、所得税法１５７条１項を適用すべきか否かを判断し、
また、適用すべきと判断した場合における適正な賃料を計算するためには、同一又は類似の用途に供されている不動産を賃借している者が、互いに同族会社とその同族関係者という特殊な関係にない者に対して支払う通常の賃料を比準する方法によって、通常人が支払う標準的な賃料の金額を算出し、これと実際に同族関係者が同族会社に対して支払った賃料を比較検討することが合理的である。
つまり、まず通常賃料を算出し、その通常賃料と本件賃料を比較検討する、という方法です。
その結果、本件各不動産の適正賃料は、
平成２０年分 ２３１万２５３２円
平成２１年分 ２３１万７６３２円
平成２２年分 ２３１万７６３２円
と認められる。
医師が同族会社に支払った各賃料は、
平成２０年分 １２４０万円
平成２１年分 １２６０万円
平成２２年 １２６０万円
である。
上記両者を比較すれば、医師が同族会社に支払った賃料が、著しく高額であることは明らかであって、医師の行為は、通常の経済人の行為として極めて不合理であり、医師が同族会社の株主であるという特殊の関係にあったからこそなしえた同族会社の行為であるといわざるを得ず、そのような行為を許した場合には、医師の所得税の負担を不当に減少させる結果となることは明らかである。
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
以上です。
裁判所は、同族会社の行為計算否認規定が適用されるのは、その行為が、「通常の経済人の行為として極めて不合理であり、同族会社の株主であるという特殊な関係にあったからこそなしえた」という場合であるとしています。
判例の中には、「通常の経済人」を基準とせず、「非同族会社では通常なしえないような行為・計算」をした場合に該当する、というものもあります。
（東京高裁昭和４０年５月１２日等）
今回の事例では、適正賃料の５倍以上の賃料を設定してしまっているので、どちらの要件にも該当しそうです。
このような事例では、賃料を設定する際に、近隣の類似賃料を下記の基準によって調べます。
（１）場所的類似性
（２）用途が事業用であること
（３）一戸建てかビルかの別
（４）規模・築年数・最寄り駅からの距離
その上で、１平米あるいは１坪あたり賃料がなるべく高額で募集している資料を集め、プリントアウトして証拠化しておくのがよいと思います。
