前期に工場（建物・土地）を取引先から一括取得しました。
ところが契約書には代金全額が土地価格として記載されており、建物価格欄は空欄のままでした。
売主（大手取引先）に土地・建物を区分して記載してもらうよう依頼しましたが、「できない」と断られてしまいました。
当初の交渉段階からは建物・土地合計の取得金額として話を進めていました。
そのため、法人会計上は固定資産税評価額を基準に土地と建物を区分し、消費税法施行令45条3項に基づいて計上しました。
しかし、税務調査で以下の指摘を受けています。
「契約書に建物の価格が記載されず、土地価格として全額記載されている以上、建物として仕入税額控除を認めるのは不適当ではないか」
こちらとしては「契約書上は空欄でも、交渉段階から土地・建物を含めた金額で合意していた」という主張しかできない状況です。
このようなケースにおいて、建物部分に係る仕入税額控除を税務署に認めてもらうための有効な対応策があれば、ご教示いただきたいです。
