診療所併設の病児保育委託事業における消費税の課税関係について

診療所に併設された病児保育委託事業に関する消費税の課税・非課税の取扱いについて質問です。

当該病児保育室は、認可外保育指導監督基準を満たしている旨の証明書がありません。
そのため、市から国の交付基準に基づいて支払われる基本分・改善分・運営分および加算分（利用者数に応じて支給）が病児保育室に支払われています。

現状では、上記の証明書がないことを理由に、市からの病児保育事業運営委託収入の全額を課税売上として処理していますが、この取扱いで問題ないか確認したいです。