建設業における法人間取引において、以下のようなケースが発生した場合の法人税および消費税の取扱いについて確認させてください。
【前提】
当社は下請工事の請負にあたり、工事完成基準を採用しています。ただし、工期が数か月に及ぶ場合には、進捗に応じて毎月出来高に基づく請求書を発行し、決済を行っています。
このたび、発注元より「先月分の支払に際し、当該受注工事に係る材料および工事の一部を発注元側で負担したため、その分を相殺して支払う」との通知がありました。
相殺の内容については、発注側から相殺明細書の交付を受け、内容確認を済ませています。
【質問1】
上記の前提において、請負契約書上の請負金額を修正せず、当初契約金額のままで売上を計上する場合、相殺明細書を根拠に外注費等として原価計上しても法人税法上問題ないでしょうか。
もし問題がある場合、どのような手続きが必要になるでしょうか。
【質問2】
上記1のとおり原価計上を行う場合、相殺明細書はインボイス（適格請求書）の要件を満たしていません。
このため、別途仕入明細書を作成し、取引先の確認印等を得ることで、仕入税額控除を受けることは可能でしょうか。
また、この場合の課税仕入の計上時期は、どの時点とするのが適切でしょうか。
併せて、証憑として備えておくべき書類や、注意すべき実務上のポイントがあればご教示ください。
