個人である甲は、投資事業有限責任組合A（以下「組合A」）を通じて、株式会社X（以下「X社」）および株式会社Y（以下「Y社」）の株式を保有していましたが、これらの株式を第三者に対して譲渡しました。
本件の前提条件は以下のとおりです。
・組合Aの決算期は7月決算となっています。
・第三者への株式譲渡は、2024年12月中に実行されています。
・組合Aが保有していたX社株式およびY社株式については、それぞれの取得費はいずれも明らかになっています。
このような状況のもとで、甲が所得税の確定申告を行うにあたり、以下のような解釈で差し支えないかを確認したいと考えています。
1．2023年分の所得税確定申告については、組合Aの決算期が7月であることから、2023年12月に実行された株式譲渡に係る損益は2023年分の所得には取り込まれず、組合Aの2024年7月期の決算を通じて、2024年分の所得税確定申告に反映される、という理解でよいでしょうか。
2．いわゆる「取得費の5％特例」については、取得費が明らかである場合であっても適用が可能であり、かつ、X社株式とY社株式それぞれについて個別に適用可否の判断を行うことができると考えています。
具体的には、一方の株式については取得費の5％特例を適用し、他方の株式については実際の取得費を用いる、といった選択的な適用が可能かどうかについて確認したいです。
