個人株主Bが所有する乙社株式と甲社の自己株式を交換する場合の課税関係についてお伺いします。
（前提）
甲社は、兄である個人株主Aと弟である個人株主Bが株式の過半数を所有しています。
乙社は、甲社が株式の40％、個人株主Bが株式の60％を所有しています。
今回、甲社が乙社株式を100％取得するために、Bが保有する乙社株式1200株（簿価1000万円・時価1億円）と、甲社の自己株式を交換することを検討しています。
この場合、各当事者に所得が発生しないかについて確認したいと考えています。
（1）前提①：乙社株式1200株と甲社自己株式200株の時価が同額の場合
① Bが株式交換により乙社株式1200株を甲社に譲渡し、自己株式200株の交付を受けた場合、所得税法第57条の4の規定により譲渡がなかったものとみなされると考えてよいでしょうか。
（つまり譲渡所得9,000万円〔時価1億円－簿価1,000万円〕は発生せず、所得税は課されない認識で正しいでしょうか。）
② 甲社としては、税務上、乙社株式1200株（簿価1,000万円）を取得し、自己株式200株を譲渡したものとして処理する認識で問題ないでしょうか。
③ 甲社株式と乙社株式の交換比率は、それぞれの時価を基に算定することになるでしょうか。
（2）前提②：乙社株式1200株の時価が甲社自己株式300株の時価を上回る場合
① 甲社が不足分に相当する新株を発行すれば、所得税法第57条の4の規定を適用して譲渡がなかったものとみなすことは可能でしょうか。
（3）今回のケースでは、乙社が甲社株式を一部所有しています。
このように乙社が甲社株式を保有している場合、自己株式交換における課税関係に影響が生じる可能性はあるでしょうか。
【甲社株主構成】
株主A（兄）：300株（30％）
株主B（弟）：300株（30％）
株主C（第三者）：50株（5％）
乙社：50株（5％）
甲社（自己株式）：300株（30％）
合計：1000株（100％）
【乙社株主構成】
甲社：800株（40％）
株主B：1200株（60％）
合計：2000株（100％）
