これまでの申告状況について、以下のような経緯があります。なお、３月決算で、外形標準課税の対象となっている法人です。
数年前、過去の申告内容について、自主的に修正申告を行いました。この修正申告は、税務調査を受けた結果ではなく、こちらで誤りを把握して自ら行ったものです。その後、その一部の修正申告についても誤りがあることが判明したため、更正の請求を行いました。
その結果、ある年度については、最終的に欠損の状態となりました。
その後も欠損が継続していましたが、数年後の事業年度に多額の利益を計上することとなり、それまで繰り越していた欠損金を利用することになりました。
今回、その翌事業年度を対象として、外形標準課税に関する税務調査が行われました。
その調査の中で、東京都から、「過去の事業年度の欠損金額について、東京都が把握している金額と申告上の金額が異なっており、その結果、後の事業年度の所得割額が少なくなっている」との指摘を受けました。
税務調査当日に、「今になって過去の事業年度の欠損金額が異なるという指摘をすることができるのか。すでに更正可能期間を過ぎているのではないか」と確認しました。
これに対し、後日、東京都からは、「地方税法第72条の42では、課税標準に変更がある場合には通知をすることを定めているが、欠損金額が異なることは課税標準の変動には当たらないため、通知する義務はない」との回答がありました。
そこで、「国税と地方税では欠損金額が異なることも多く、その場合、地方税について東京都が把握している正確な欠損金額を納税者側で把握し、東京都の認識と一致させることができないのではないか」と質問したところ、東京都からは、担当者同士がやり取りをして、連絡をしている形跡があるとの回答でした。
以上のような経緯について、以下の点をご相談させてください。もし、このような内容が先生にご相談することが適切でないものであれば、その旨もお教えいただければと思います。
① そもそも、「課税標準の変動がないため、欠損金額が正しいものでなくても通知する必要はない」という東京都の主張は、法的に正しいのでしょうか。
地方税法第72条の42には「課税標準」という文言がありますが、欠損金額が変更されることは、課税標準の変更には当たらないのでしょうか。欠損金額が後の事業年度の所得割額に影響するのであれば、課税標準との関係があるようにも思うのですが、この点についてどのように考えるべきでしょうか。
② 過去の事業年度の欠損金額については、数年前から現在まで、東京都が「誤っている」と指摘している金額を継続して申告している状況です。
①とも関係すると思いますが、東京都は、その欠損金額の相違によって後の事業年度の所得割額が変わるため、更正の期限はまだ経過していないという趣旨の説明をしています。
しかし、そもそもの欠損金額については、かなり以前の事業年度のものであり、そこから長期間にわたって同じ金額で申告してきています。このような場合に、後の事業年度の所得割額に影響することを理由として、過去の欠損金額について更正の期限が到来していないと考えることができるのでしょうか。
③ 仮に東京都の説明どおり、欠損金額の相違について納税者への正式な通知を行う必要がないということであれば、その欠損金額の適正な金額を、担当者同士のやり取りを通じて納税者に連絡するという運用が、公的な手続として適切なのか疑問を感じています。
担当者ベースで連絡された欠損金額を基準として、申告した金額と一致していないことを理由に修正する必要があるのでしょうか。それとも、納税者に対して正式な通知や更正など、何らかの公的な手続が必要となるのでしょうか。
地方税における欠損金額の取扱いと、更正・通知の手続について、上記のような東京都の対応が適法なものなのか、また、納税者側としてどのように対応するのが適切なのか、ご教示いただければと思います。
