登記簿上の株式数と異なる株式移動による端数発生の対応について

登記簿上では株式数が400株とされていますが、過去数年前から1000株として計算・議事録に記録し、株式の移動を行ってきました。
そのため、もし登記簿通りの400株とした場合には端数が発生してしまいます。なお、現在の発行総数は800株です。

この状況を踏まえ、以下の対応を検討しています。

設立時の登記に誤りがあったものとし、錯誤により株式数を1000株と訂正する。

株式の発行総数および発行済株式数を事後的に1000株とする。

今回の問題点に対する考え方や、可能な対応策について、ご教示いただきたく存じます。