【１．事実関係】
・株式会社X社（以下、「X社」とします。）は、現在、システム開発事業、システム保守運用事業、不動産賃貸事業の3つの事業を行っています。
・X社の代表取締役である甲は、システム開発事業を分社化したうえで第三者へM&Aすることを検討しています。なお、この第三者を以下「A社」とします。
・また、X社が行っている残存事業のうち、不動産賃貸事業で保有している不動産には多額の含み益が生じている状況であり、そのため組織再編に伴う課税リスクについて懸念しています。
・さらに、残存事業であるシステム保守運用事業の許認可等がX社に紐付いているため、会社分割（分割型分割）を実施する場合には、承継対象となるシステム開発事業のみを分社化し、新たに株式会社Y社（以下、「Y社」とします。）を設立したうえで、Y社の株式を第三者へ譲渡するスキームを第1案として検討しています。
・一方で、第2案として、組織再編の手法を用いない方法も検討しています。
・具体的には、X社において現在行っているシステム開発事業（承継事業）をいったん廃業し、その後、新会社であるY社を設立して新たに当該承継事業を開始したうえで、Y社の株式を第三者へ譲渡するスキームです。
【２．質問】
【質問１】
第1案のスキームでは、承継事業であるシステム開発事業を分社化したうえでY社株式を譲渡する形となるため、税務上は非適格組織再編に該当する可能性があると考えています。
この場合、X社に残る不動産賃貸事業で保有している不動産について、時価評価が行われ、含み益に対して課税が生じるリスクはあるのでしょうか。
また、非適格組織再編となった場合、X社において法人課税が生じるのではなく、株主側でみなし配当課税という形で課税関係が生じる可能性があるのかについても確認させていただきたいと考えています。
【質問２】
第2案として検討している、X社でシステム開発事業を廃業した後にY社で同事業を開始し、その後Y社株式をM&Aにより譲渡するスキームについてですが、このような手法を採用した場合、行為計算の否認などの税務上のリスクが問題となる可能性はあるのでしょうか。
