（前提）
相続人は子2人（兄と妹）です。
相続登記および相続税の申告は、公正証書遺言に基づき進める予定です。
遺言では、財産の一つとして貸家があり、これを子2人で1/2ずつの共有と定めています。
貸家は店舗部分とアパート部分で構成されており、面積は概ね半々です。
ただし、兄妹双方の希望としては、貸家の収入や管理を以下のように分けたいとのことです。
・店舗部分は兄が管理し、収入も得て、確定申告も兄名義で行う
・アパート部分は妹が管理し、収入を得て、確定申告も妹名義で行う
双方の意向は一致しています。
（質問）
この場合、確定申告を行うにあたり、遺言どおりではないため、貸家部分についてのみ別途遺産分割協議を行い、貸家の持ち分を分ける（貸家を区分所有に変更する）べきでしょうか？
それとも、遺言どおり相続税の申告を行い、確定申告については、兄妹間で話し合いの内容を文書で残し、遺言とは別に分けて申告する方法でも、税務署は実務上認めてくれるのでしょうか？
また、兄妹の意向に沿う方法や、その他の適切な助言がありましたら、ご教示いただけますと幸いです。
