中小企業技術基盤強化税制とは｜制度概要・申請手順・実務上の注意点を解説

中小企業技術基盤強化税制は、研究開発に取り組む中小企業の税負担を軽減し、技術力の向上と投資促進を支援する制度です。

要件を満たせば大きな節税効果が期待できますが、適用するには制度の理解と実務対応が不可欠です。

本記事では、中小企業技術基盤強化税制の適用要件、申告手続き、実務上の留意点について解説します。

中小企業技術基盤強化税制の概要

中小企業技術基盤強化税制は、中小企業が行う研究開発活動に要する費用の一部を法人税額から控除できる制度です。

技術力の向上と研究開発投資の促進を目的としており、青色申告書を提出する一定の中小企業者が対象となります。

研究開発税制には、「中小企業技術基盤強化税制」以外に、「一般試験研究費の額に係る税額控除制度」と「特別試験研究費の額に係る税額控除制度（オープンイノベーション型）」があります。

適用にあたっては、各制度の要件や併用可否を事前に確認し、最適な制度選択を行うことが求められます。

中小企業技術基盤強化税制の適用要件

中小企業技術基盤強化税制の適用には、法人の規模や研究活動の内容に関する要件を満たす必要があります。

対象法人

本制度の適用対象となるのは、青色申告書を提出しており、かつ、次のいずれかに該当する中小企業者です。

ただし、以下のいずれかに該当する法人は、中小企業者であっても制度の適用対象外となります。

控除対象となる試験研究費

控除対象となるのは、以下のような研究活動に要する費用です。

研究費用に充てるため、他者から支払いを受ける金額がある場合には、その金額を控除した金額が対象となります。

また、内国法人が、その法人の国外事業所等を通じて行う事業に係る費用については、適用対象外です。

中小企業技術基盤強化税制の控除率と上限

中小企業技術基盤強化税制では、試験研究費の割合に応じて税額控除の限度額が変動します。

また、一定の条件を満たす場合、税額控除の上限が引き上げられる特例措置も設けられています。

税額控除限度額

税額控除限度額は、試験研究費に税額控除割合を乗じて算出します。

試験研究費割合が１０％以下で、かつ増減試験研究費割合が１２％以下の場合、税額控除割合は１２％となります。

一方、試験研究費割合が１０％を超える場合や、増減試験研究費割合が１２％を超えるときは、税額控除割合が最大で１７％まで上昇する可能性があります。

なお、具体的な税額控除限度額については、専門家に確認したうえで算出してください。

税額控除上限額

税額控除の上限は、原則として事業年度における調整前法人税額の２５％までです。

算定した税額控除限度額が２５％を超えた場合には、２５％に相当する金額が税額控除の上限額となります。

ただし、当該事業年度が一定の要件を満たす場合には、上記の２５％に最大１０％を上乗せした、合計３５％まで控除限度額を引き上げることが可能です。

適用する際の申告手続き

中小企業技術基盤強化税制を適用する場合、確定申告書に控除対象の試験研究費および控除額を記載し、控除額に関する明細書を添付して提出する必要があります。

領収書、契約書、研究報告書など、支出根拠となる証憑書類は、税務調査等に備えて適切に保管しておく必要があります。

書類の不備や保存体制の不十分さにより、控除が否認されるリスクもあるため、社内での管理体制の整備が重要です。

適用にあたっての留意事項

中小企業技術基盤強化税制は、「特別試験研究費の額に係る税額控除制度（オープンイノベーション型）」と併用して適用することが可能です。

一方で、「一般試験研究費の額に係る税額控除制度」とは併用適用ができないため、いずれか有利な制度を選択して適用する必要があります。

また、本制度を適用する際、試験研究費の中に減価償却資産または繰延資産が含まれている場合には、当該資産に対して他の制度による特別償却または税額控除の規定を重複して適用することはできません。

まとめ

中小企業技術基盤強化税制は、技術力の向上と資金負担の軽減を両立できる、研究開発支援の有効な制度です。

適用にあたっては、対象経費の整理や制度の正確な理解に加え、税務調査への対応や制度改正への備えも求められます。

適用要件を満たしていないことに起因する申告上の不備は、税務調査において控除の否認につながるため、事前に税理士へ確認のうえで制度を活用してください。