税務調査の流れと事前にやるべき調査対策のポイント

税務署は税務調査前の時点で申告漏れを把握していることがある一方、不正を一切していなくても申告内容を確認するために調査が行われることもあります。

そのため適切な申告をしていた場合でも、税務調査を受ける可能性はあります。

調査の連絡があってから準備をしても遅いので、本記事で調査の流れと調査対策のポイントをご確認ください。

【この記事の監修者】
讃良周泰税理士事務所　税理士　讃良　周泰

税務調査が実施される際の流れ

税務調査には「実地調査」・「実地調査以外の調査」・「行政指導」の3種類あり、法律上の税務調査に該当するのは、実地調査と実地調査以外の調査です。

そのうち調査担当者が自宅や職場に訪問するのは実地調査ですので、本章では実地調査が行われる際の流れをご説明します。

調査前：税務署から税務調査を実施する連絡がある

税務調査と言えば、突然自宅に調査担当者が訪れるマルサ（国税局査察部）を想像される方が多いかと思います。

しかしマルサが調査するのは悪質な税金逃れが見込まれる納税者であり、一般の方がマルサの調査を受けることはありません。

また実地調査は、原則として納税者へ事前連絡があり、調査日の日程調整を行います。

無予告で税務調査が行われるのは、事前連絡することで証拠隠滅や逃亡など、調査に支障があると認められる場合に限られます。

そのため確定申告書を期限内に提出している人であれば、税務調査を受けるとしても、調査担当者が突然自宅や事務所に訪れることはありません。

調査当日①：午前は事業内容などの聴き取りが中心

実地調査は10時から始まることが多く、世間話から会社の事業内容や経営状態などの話があります。

一見、調査とは関係ない話だとしても、調査担当者は会話の中に出てくる登場人物や会社の近況を情報として収集しています。

また調査担当者が事前に申告漏れを把握している場合、会話の中の矛盾が無いかも確認してきますので要注意です。

嘘の回答は仮装隠ぺい行為に認定され、重加算税を課される可能性もありますので、質問に対しては正直に話すようにしてください。

調査当日②：午後は帳簿などを調べる

昼食をはさみ、調査担当者は午後からは帳簿などの資料を確認します。

ほとんどの調査担当者は、申告書を作成する際に使用した資料などを一通り調べますので、調査対象年分の資料は事前に準備しておいてください。

また確認資料が多い法人税調査の場合、調査が2日目に突入することもあります。

調査当日に申告誤りが指摘されることもありますが、調査担当者は聴取した内容を確認するため、調査結果の説明は後日になることが多いです。

調査後：調査結果の説明は非違事項の有無に関係なく行われる

調査の結果、更正決定等をすべきと認められる非違がある場合には、納税者に対して非違事項の説明が行われ、指摘事項に基づき修正申告書を提出するよう勧奨されます。

修正申告の勧奨に応じるかは、納税者の判断です。

勧奨に応じない場合、税務署から更正等の処分が行われますが、その際に不服申し立てをすることも可能です。

一方で、調査により非違事項が無かった場合も調査結果の説明は行われます。
その際は、税務署から「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書」（是認通知書）が届きます。

是認通知書は、申告内容が正しかったと税務署が認める書類であり、調査終了後に再調査が行われることは原則ありません。

税務調査が実施される前にやるべきこと

申告書を正しく作成したとしても、税務調査を受けることはありますので、日頃から調査対策を怠らないことが大切です。

売上の計上漏れがないか・経費の領収書管理は日頃から行うこと

税務調査の目的は、申告誤りの指摘と、申告内容を確認する2パターンが存在します。

税務署は収入の申告漏れがあれば調査を行いますし、前年比で経費の支出額が増加していれば事実関係を確認するために実地調査することもあります。

収入漏れを防ぐために毎月売上管理を行い、取引先への請求漏れや仕訳処理の未済がないか確認してください。

決算期になりましたら、今事業年度の資料を整理して計上漏れとなっている売上がないか再度チェックします。

経費は支出した事実を証明できるよう、証拠となる領収書は破棄せず保管しておきましょう。

税務調査では、領収書などの管理方法を尋ねられることもあり、管理が杜撰だと調査担当者が申告漏れを疑うこともありますのでご注意ください。

調査対象期間に偶発的な取引がないかを確認する

税務署はイレギュラーな取引などに敏感です。

事業を行う上で突発的な取引があるのは珍しいことではありませんが、調査担当者は小さな変化でも事実関係を確認しようとします。

調査担当者からの聴き取りの際、回答に苦慮すると、隠し事があると誤解を招く可能性があります。

そのため調査対象期間にどのような取引が行われていたか見直し、調査担当者からの質問に回答できるようにしてください。