手続きを簡略化できる労基署への本社一括届出制度とは？

当社は都内に本社を構えており、その他全国に複数の事業場があります。
最近、頻繁に法改正が行なわれる中、就業規則等の届出もその都度行なってきましたが、かなりの負担です。
手続きを簡略化する何かよい方法はないのでしょうか？

就業規則は、作成及び改定の都度、事業所ごとに所轄の労働基準監督署へ届出しなければならないことが労働基準法で義務付けられており、それには意見書も添付しなければなりません。

意見書を作成するには過半数代表者の選出と意見聴取が必要ですが、これらの対応には相応の時間が必要です。
しかも、正副２部準備する必要があるため、事業所の数が多ければ多いほどその負担は増すことでしょう。

そのため、「本社と各事業場の就業規則の内容が同一」であって、次のような条件を満たした場合、本社以外の各事業場の就業規則についても本社を管轄する労働基準監督署へ一括して届け出る「本社一括届出」という制度が設けられています。

【適正となる届出の条件】（就業規則）
・本社及び各事業場の数に対応した就業規則を届け出ること
・「届出事業場一覧表」を添付すること
　※欄外に「本社の就業規則と同一内容である」旨を明記する。
　　変更の届出の場合は、さらに「変更前の就業規則の内容は本社の就業規則と同一内容である」旨を明記すること。
・意見聴取及び意見書の作成は各事業場で必要となること

この一括届出制度は、就業規則だけでなく、「３６協定」の届出の際にも利用することができます。
条件は次のとおりです。

【適正となる届出の条件】（３６協定）
・本社及び各事業場の数に対応した３６協定を届け出ること
・「届出事業場一覧表」を添付すること
・協定事項のうち、「事業の種類」、「事業の名称」、「事業の所在地（電話番号）」、「労働者数」以外の事項はすべて同一であること

これを見ると、「就業規則とほとんど一緒じゃないか、よかった」と思われるかもしれません。
ところが、３６協定の本社一括届出を行おうとする場合、締結する場合の相手方は労働組合であることが絶対条件となっています。
具体的には、